Dans un Japon mi-médiéval, mi-futuriste, des extraterrestres appelés Amanto envahissent la Terre. Cependant, un obstacle de taille se dresse devant eux : Gintoki Sakata, une tête brûlée qui n'a peur de rien. Armé de son sabre d'entraînement, il se place en dernier défenseur du bushido, le code du samouraï. Il est bientôt rejoint par ses amis Shinpachi et Kagura.