Shirô et ses compagnons sont sortis vainqueurs grâce à la ruse d'Archer. Il reste désormais quatre paires de maîtres servants qui cherchent à s'emparer de la coupe sacrée censée exaucer tous les voeux de son possesseur. Alors que Saber risque de disparaître, un ennemi redoutable s'en prend à Shirô.