Une fois le professeur Ochiai repoussé à grand peine, la grande armada de Sidonia a appareillé. Hélas, la seconde flotte d'assaut est pratiquement anéantie par une attaque gauna et Tsumugi portée disparue dans la bataille. Comble de malheur, des essaims s'approchent également de la première flotte d'assaut et de Sidonia. Nagate confie alors la défense du vaisseau à Norio avant de s'élancer à bord du dernier modèle de sentinelle, le Yukimori ! L'heure du combat final est arrivée !!