Orphelin, adolescent solitaire, Natsume voit des yôkai depuis tout petit. Son existence qui n’avait rien d’ordinaire le devient encore moins lorsque les yôkai se mettent à le traquer sans relâche et qu’il hérite d’un étrange carnet qui lui permet non seulement de commander aux yôkai mais d’avoir droit de vie et de mort sur eux, de quoi susciter bien des convoitises…