Kyoto, 1490. L'enquêteur Ryosakû, assisté de Kaoru, Keiji et Sozô, se lance aux trousses du plus terrifiant et mystérieux des criminels, le shogun de l'ombre. En pleine reconstruction après les guerres qui l'ont dévastée quinze ans auparavant, la cité impériale leur réserve bien des surprises et de terribles épreuves.