Confrontés  à une série de mystérieux suicides, ainsi qu'à la menace de voir libéré un virus constitué de micro-machines sur le territoire japonais, les membres de la Section 9 de la sécurité publique ont fort à faire. De son côté, celle qui les avait quittés deux ans auparavant, le major Motoko Kusanagi, agit dans l'ombre pour résoudre elle aussi ces affaires. Libérant son ghost dans les méandres du Net, elle doit faire face à un hacker d'élite. Surnom : le « Marionnettiste »…