Berlin, 1943. Après Stalingrad, Hitler a décrété la guerre totale. Gerhard Lenz, commissaire à la Kripo, tente d'organiser la clandestinité de Flora, la jeune Juive qui attend un enfant de lui, quand un psychiatre, membre du NSDAP, est assassiné. L'enquête sera pour lui l'occasion de découvrir l'ampleur du programme d'euthanasie de masse, dit Aktion T4, et le rôle joué par les médecins nazis. Dans une ville au bord de l'abîme, Topographie de la terreur raconte le combat d'un homme seul face à l'hydre totalitaire.