Quatre ans ont passé depuis que le major a fusionné avec la forme de vie artificielle et quitté la Section 9. Sous le nom de Motoko Aramaki, elle travaille pour Poséidon Industries dont elle assure la sécurité des intérêts ; mais elle est toujours surveillée par le Bureau de Parapsychologie. Une enquête apparemment de routine suite à l'attaque d'une usine de clonage va, de cyber-combat en cyber-combat, la conduire vers une nouvelle révolution scientifique et humaine…